En la parte montañosa del Norte, donde predomina el clima semifrío, existen bosques de encino, pino, oyamel, madroño, tila, trompillo y chichicaule, entre otros. En el Sur del Estado predomina la selva baja caducifolia. Las especies más representativas son: El Casahuate, Tepehuaje, Huaje, Palo dulce, Ámate blanco, Copal y Pochote, entre otros.

Entre los principales animales de la región montañosa del Norte del Estado, están los venados cola blanca, coyotes, lobos, tejones, conejos, ardillas, tlacuaches, zorras y víboras. Al Sur de la entidad, donde la vegetación es más escasa, se pueden encontrar tejones, zorras, armadillos, tlacuaches, conejos, ratones, culebras, aves y una gran variedad de insectos.